流式細胞術在過去30年里得到迅速發展，在免疫學、分子生物學、細菌學、病毒學、癌癥生物學和傳染病學等領域得到廣泛應用。比如，流式細胞術對研究免疫系統狀態及其對傳染病和癌癥的反應非常重要，它可以表征來自血液和骨髓的混合細胞群，以及由淋巴結、脾、粘膜組織、實體腫瘤等固體組織分解成的單個細胞。除了分析細胞外，流式細胞術另一個主要應用是對細胞進行分選，以滿足使用者進一步的分析需求。

本文將主要以細胞生物學、免疫學和分子生物學為例，介紹流式細胞術在實際中的應用。

細胞生物學與免疫學

免疫分型：

免疫分型在流式細胞術的應用中常見，它利用流式細胞術的能力同時分析混合細胞群的多個參數。免疫分型基本的形式就是使熒光偶聯抗體與細胞表面對應的抗原特異性結合，之后利用流式細胞儀，根據細胞表面的熒光對細胞做出分析。大多數抗原都有特定的分化亞群編號或者CD編號，對應的抗體用相同的方式命名。

大多數免疫細胞都有特定的CD標記，這些細胞標記稱為譜系標記，用于定義特定細胞群，以便在每個免疫分型實驗中進行額外分析。例如T細胞標記物(CD3, CD4, CD8)， B細胞標記物(CD19, CD20)，單核細胞標記物(CD14, CD11b)和NK細胞標記物(CD56, CD161)。

除了定義細胞群的譜系標記外，還使用其他標記來描述每個細胞群的特征。這些標記包括激活標記(CD69、CD25、CD62L)、記憶標記(CD45RO、CD27)、組織歸巢標記(α4/β7)和趨化因子受體標記(CCR7、CCR5、CXCR4、CCR6)等。通常，免疫分型還針對細胞內標記物，如FoxP3(定義Treg細胞)、細胞因子(IFN-γ、TNF-α、IL-2定義Th1細胞)、增殖標記物(Ki67、CFSE)和抗原特異性標記物等。

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